O Estado de Mato Grosso do Sul possui a segunda maior população indígena do País, representada pelas etnias Atikum, Guató, Guarani, Kaiowá Kinikinaua, Kadiwéu, Ofaié e Terena, em 27 municípios do território estadual.

Atualmente, o governo do Estado dispõe de 15 escolas estaduais indígenas, sendo uma na área urbana e as outras 14 em áreas indígenas e um Centro de Formação de Professores Indígenas. Destas 14 escolas, sete foram construídas pelo governo do Estado, em parceria com o governo federal, entre 2007 e 2010. São escolas com seis salas de aula, sendo uma em Amambai (Aldeia Amambai), três em Aquidauana, (Aldeias Lagoinha, Bananal e Limão Verde) uma em Dourados (Aldeia Jaguapiru), uma em Miranda (Aldeia Cachoeirinha) e uma em Nioaque (Aldeia Brejão).
Outras quatro escolas indígenas, com duas salas de aula, foram construídas em parceria com o Ministério da Educação (MEC) e entregues aos municípios de Caarapó (Aldeia Te’y Kuê), Amambai (Aldeia Jaraguari), Laguna Caarapã (Aldeia Guaimbé) e Japorã (Aldeia Porto Lindo). Outras três escolas funcionam em parceria com escolas municipais.

De acordo com o Educacenso de 2011, foram matriculados, em escolas municipais e estaduais, abrangendo ensino fundamental, médio e educação de Jovens e Adultos (EJA), 20.669 alunos indígenas, dos quais 2.832 matriculados somente da Rede Estadual de Ensino.

Além da oferta de ensino médio, a Secretaria de Estado de Educação (SED) atua na formação de professores indígenas, por meio do Centro de Formação de Professores Indígenas. Em 2010, o curso Normal Médio Povos do Pantanal formou 93 professores, das etnias Atikum, Guató, Kinikinau, Kadiwéu, Ofaié e Terena.

O curso Normal Médio Ara-Vera formou 76 professores Kaiowá-Guarani, em 2010, no município de Dourados. Atualmente, estão em formação, nos dois cursos, 80 novos professores, sendo 40 em cada turma.

A educação escola indígena tem por finalidades a criação e regularização de escolas indígenas, ampliação e oferta de vagas, formação continuada e específica para professores indígenas (inicial e continuada), diálogo com as comunidades indígenas, recuperação e valorização do conhecimento indígena e implementação de novas políticas educacionais.

A SED também está viabilizando cursos de Formação Continuada para professores indígenas em parceria com o MEC.